Prelaten (og som hans stedfortreder vikarene) har fullmakt til å lede Opus Dei: han er prelaturets ordinarius.

For tiden er Opus Deis prelat Fernando Ocáriz. General­vikar er msgr. Mariano Fazio. Sentral­sekre­tær­vikar er msgr. Antoni Pujals y Ginebreda. Prelatem­betet har sitt sete i Viale Bruno Buozzi 73, 00197 Roma, Italia.

Prelaturet Opus Dei ledes av Kirke­retten, den apostoliske konstitu­sjo­nen Ut Sit og sine egne statutter, også kalt Opus Deis partikularrett. Kirkeretten av 1983 inneholder de grunnleggende reglene for personalprelaturene (§ 294-297).

Prestene som utgjør prelaturets presteskap er helt underlagt prelaten, han gir dem deres pastorale oppgaver, som de utfører i nært samarbeid med bispedømmenes pastorale organisasjon. Prelaturet har ansvar for deres levebrød.

Lekfolket er underlagt prelaten i det som angår prelaturets særskilte oppdrag. De adlyder de sivile myndighetene på samme måte som andre samfunnsborgere og de kirkelige myndighetene på samme måte som andre katolske lekfolk.

For å lede Opus Dei støttes prelaten av et råd som består av kvinner, Sentralrådet, og et annet som består av menn, Generalrådet. Begge har hovedkvarter i Roma.

For å lede Opus Dei støttes prelaten av et råd som består av kvinner, Sentralrådet, og et annet som består av menn, Generalrådet. Begge har hovedkvarter i Roma.

Prelaturets ledelsesmåte er kollegialt: prelaten og hans vikarer utøver alltid sine embeter i samarbeid med sine respektive råd, hvor de fleste er lekfolk.

Prelaturets generalkongresser pleier vanligvis å samles hvert åttende år. Deltakerne er medlemmer fra de forskjellige land der Opus Dei arbeider. På disse kongressene studerer man prelaturets apostoliske arbeid og man foreslår retningslinjer for den fremtidige pastorale virksomheten for prelaten. Under kongressen utnevner prelaten nye råd.

Prelaturet oppdeles i områder eller territorier som kalles regioner. I ledelsen for hver region, hvis utstrekning kan sammenfalle med et land men ikke alltid gjør det, finnes en regionalvikar med sine råd: Regionalrådet for kvinnene og Regionalkommisjonen for mennene.

Visse regioner oppdeles ytterligere i delegasjoner som omfatter mindre territorier. I disse tilfeller gjentas samme ledelsesstruktur: en vikar for delegasjonen og to råd. På lokalt nivå befinner endelig Opus Deis sentre seg, som organiserer undervisningen og sjelesorgen for prelaturets medlemmer innenfor sitt område.

Sentrene består enten av kvinner eller av menn. I hvert senter finnes et lokalråd, ledet av en forstander som er lekmann sammen med minst to andre medlemmer.

For den særskilte sjelesorgen for de medlemmer som er knyttet til hvert senter utvelger prelaten eller hans vikarer en prest fra prelaturets presteskap.

Intet lederverv er på livstid unntatt prelatens.

Alle medlemmer har ansvar for egne personlige behov og sin families behov gjennom sitt vanlige yrkesarbeid. Utover å forsørge seg personlig har Opus Deis medlemmer og medarbeidere også ansvar for de utgifter som prelaturets pastorale behov medfører.

Disse utgiftene begrenses hovedsakelig til å forsørge og utdanne prelaturets prester, opprettholde det sentrale og de regionale hovedkvarterene, samt til de almisser som prelaturet gir. Opus Deis medlemmer bidrar naturligvis også til økonomisk å forsørge kirker, menigheter osv.